นายแพทย์มารุต มัสยวาณิช เป็นที่ปรึกษานายพินิจ จารุสมบัติ รองนายกรัฐมนตรี และเข้าร่วมงานกับพรรคเพื่อแผ่นดิน ตั้งแต่ในระยะก่อตั้งพรรค จนได้รับแต่งตั้งเป็นกรรมการบริหารพรรค และเป็นนายทุนของพรรคคนหนึ่ง[3] ต่อมาได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภา ในปี พ.ศ. 2549[4] (โมฆะ) และลงสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดหนองคาย แต่ไม่ได้รับการเลือกตั้ง[5]

นายแพทย์มารุต มัสยวาณิช ได้รับตำแหน่งทางการเมืองอีกครั้งเป็น รองโฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ในรัฐบาลนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ[6] แทนนายแพทย์ภูมินทร์ ลีธีระประเสริฐ ที่ลาออกไป

ต่อมาในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2554 จึงได้ย้ายมาลงสมัคร ส.ส.ในสังกัดพรรคภูมิใจไทย ในระบบบัญชีรายชื่อลำดับที่ 125[7] ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2557 เขาได้สมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคภูมิใจไทย ลำดับที่ 11[8]